SMAFIRA - Künstliche Intelligenz zum Auffinden von Alternativmethoden

Das kann die Datenbank

Die Suchmaschinen`SMAFIRA´ (`SMArt Feature basiertes Interaktives RAnking`) ermöglicht es, geeignete Vorschläge für Alternativmethoden zu einem vorgegebenen Tierversuch einfacher und schneller zu finden.

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Künstliche Intelligenz zum Auffinden von Alternativmethoden

Was leistet die Datenbank?

Für biomedizinische Fragestellungen gibt es bereits Suchmaschinen und Literaturdatenbanken, die auch semantische Techniken zur Verfügung stellen. Lange gab es jedoch keine zufriedenstellende Lösung für die Suche nach Alternativmethoden zu Tierversuchen. Das Bf3R hat zur Unterstützung von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern daher eine Suchmaschine für Alternativmethoden zu Tierversuchen entwickelt, die auf der frei zugänglichen biowissenschaftlichen Literaturdatenbank PubMed (Medline) aufsetzt und diese um wichtige Funktionen erweitert.

Die Datenbank nutzt künstliche Intelligenz zum Auffinden von Alternativmethoden. So ermöglicht die Suchmaschine `SMAFIRA´ (`SMArt Feature basiertes Interaktives RAnking`) es Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern schon vor der Antragstellung, geeignete Vorschläge für Alternativmethoden zu einem vorgegebenen Tierversuch (= Referenzdokument) zu finden. Darüber hinaus kann SMAFIRA die Ergebnisse der Recherche, d.h. gefundene Literaturstellen, bezüglich ihrer thematischen Übereinstimmung zu dem vorgegebenen Referenzdokument und ihrer Relevanz als potentielle Alternativmethode zu dem jeweiligen Tierversuch reihen. Die Basis für die Entwicklung von SMAFIRA bilden `state-of-the-art´ Methoden des Natural Language Processing und der Künstlichen Intelligenz.

Hintergrund

Bevor ein Tierversuch im Rahmen eines wissenschaftlichen Projektes durchgeführt werden darf, muss er von einer zuständigen Behörde genehmigt worden sein. Dazu reichen die verantwortlichen Forschenden einen Genehmigungsantrag ein, in dem die Erfüllung von wissenschaftlichen und gesetzlichen Anforderungen dargelegt ist. Teil dieses Antrags ist eine sorgfältige Literaturrecherche, um sicherzustellen, dass der geplante Tierversuch nicht durch eine Alternativmethode ersetzt werden kann. Eine solche Alternative wäre z. B. eine Methode oder ein Verfahren, mit dem eine spezifische wissenschaftliche Fragestellung ohne den Einsatz lebender (Wirbel-)Tiere beantwortet werden kann, z. B. in vitro-Verfahren. Die Recherche nach möglichen Alternativmethoden ist meist sehr komplex und ist eine große Herausforderung für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler.

Forschung

Informationen zur Weiterentwicklung von Smafira

Zum Forschungsprojekt

Butzke D, Bert B, Gulich K, Schönfelder G, Neves M. SMAFIRA: a literature-based web tool to assist researchers with retrieval of 3R-relevant information. (2024) Lab Anim. 2024 Aug;58(4):369-373. Externer Link:https://doi.org/10.1177/00236772241237608

Neves M, Klippert A, Knöspel F, Rudeck J, Stolz A, Ban Z, Becker M, Diederich K, Grune B, Kahnau Pkurz fürPhosphor, Ohnesorge N, Pucher J, Schönfelder G, Bert B, Butzke D Automatic classification of experimental models in biomedical literature to support searching for alternative methods to animal experiments (2023). Journal of Biomedical Semantics:14(13).Externer Link:[https://doi.org/10.1186/s13326-023-00292-w]

Neves M. Integration of the PubAnnotation ecosystem in the development of a web-based search tool for alternative methodsGenomics & Informatics, 2020, 18(2). Externer Link:[full text and pdf, https://doi.org/10.5808/gi.2020.18.2.e18]

Butzke D, Dulisch N, Dunst S, Steinfath M, Neves M, Mathiak B, Grune B. SMAFIRA-c: A benchmark text corpus for evaluation of approaches to relevance ranking and knowledge discovery in the biomedical domain(2020) Research Square. Preprint from Research SquareExterner Link:[full text and pdf, https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-16454/v1]

Neves M, Butzke D, Grune B. Evaluation of Scientific Elements for Text Similarity in Biomedical Publications(2019) 6th Workshop on Argument Mining,Association for Computer Linguistics. Externer Link:[pdf and bibtex, http://dx.doi.org/10.18653/v1/W19-4515]

Neves M, Butzke D, Schönfelder G, Grune B. Bf3R at SemEval-2018 Task 7: Evaluating Two Relation Extraction Tools for Finding Semantic Relations in Biomedical Abstracts (2018)Proceedings of the 12th International Workshop on Semantic Evaluation, Association for Computational Linguistics:816-820. Externer Link:[pdf and bibtex, http://dx.doi.org/10.18653/v1/S18-1130]

Neves M, Ševa J. An extensive review of tools for manual annotation of documents, (2019) Briefings in Bioinformatics: 22(1) 146-163 Externer Link:[full text, https://doi.org/10.1093/bib/bbz130]

Kontakt

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12277 Berlin
Deutschland
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Max-Dohrn-Str. 8-10
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